Kegiatan ekstrakurikuler Karate di SD Negeri 3 Kendari menjadi wadah bagi peserta didik untuk mengembangkan kemampuan bela diri sekaligus membentuk karakter yang disiplin, percaya diri, tangguh, dan sportif. Latihan dilakukan secara terarah untuk meningkatkan keterampilan, kebugaran jasmani, serta memberikan kesempatan kepada peserta didik untuk mengembangkan potensi dan meraih prestasi dalam berbagai kompetisi.

Kegiatan ekstrakurikuler Pramuka di SD Negeri 3 Kendari bertujuan membentuk peserta didik yang disiplin, mandiri, bertanggung jawab, dan memiliki jiwa kepemimpinan. Melalui berbagai kegiatan yang menarik dan edukatif, peserta didik dilatih untuk bekerja sama, memiliki kepedulian terhadap lingkungan, serta menerapkan nilai-nilai kepramukaan dalam kehidupan sehari-hari.